汛期对农业生产构成的威胁是系统性的，灾害链效应尤为显著，常常呈现“一灾引发多灾”的连锁反应。汛期恰逢我国大部地区农作物处于旺盛生长期和产量形成的关键阶段，频发的强降雨、大风、高温高湿等极端天气，会从不同环节、不同层面交错影响作物生长和农业生产安全。
　　洪涝渍害
　　持续强降雨导致农田积水，土壤水分饱和，作物的根系会因缺氧而活力下降、生长缓慢，严重时甚至烂根死亡。同时，大风大雨极易造成水稻、玉米等高秆作物倒伏，不仅影响光合作用，还会因果实接触地面而发霉腐烂，严重降低产量。
　　大面积病虫害
　　水灾之后常伴随病虫害高发。高温高湿的环境为病菌滋生和害虫繁殖提供了温床，叶菜类软腐病、瓜类疫病、稻瘟病等病害风险急剧增加。同时，暖湿气流可能加剧病虫害跨区域传播的风险。
　　狂风暴雨
　　大风会直接吹毁温室大棚、畜禽栏舍、鱼塘堤坝等农业设施，造成毁灭性打击。对于果园，强风会导致枝条折断、果实大量脱落，造成直接经济损失。
　　灾后次生问题
　　洪水可能带来泥沙，掩埋作物、污染叶片，严重影响其光合作用。被洪水浸泡过的饲料极易霉变，一旦被畜禽误食，会引发健康问题甚至死亡。此外，洪水会冲毁农田，破坏土壤结构，影响后续耕种。