食用菌基腐病的病原菌为腐霉。发菌期，此菌还容易污染培养料，污染的症状是，在培养料中间发现黑色小区，黑色区域大小不等，几厘米到l米以上，邻近的区域发菌良好，所以很难被发现而忽视。此菌一般在含氮量高的区域内发生较多，培养料被此菌污染后，产量减少，尤其是第一、二潮菇。
　　防治方法 堆积培养料时，饼肥和氮素化肥要搅拌均匀，出菇后期添加养分时要小心谨慎，确保养分均匀地分布在料内。发现病菇，及时摘除，在病区内喷洒1‰的升汞水溶液；或在病区盖纸，每隔1天在纸上喷洒2%的甲醛水溶液。