传染病虫害
　　家畜农家粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与发生虫害。
　　二次发酵导致烧苗
　　发酵不充分的家畜农家粪施到地里后，当地温升高达到发酵条件时，便开始发酵，若发酵部位离根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长导致烧苗，严重时导致植株死亡。
　　烂根
　　家畜粪普遍是强酸性肥料（ｐＨ值为3.6~4.7），因此在果园里施用酸性家畜粪，易造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病，严重时导致植株死亡。
　　易产生毒气危害
　　生粪在分解过程中易产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
　　土壤缺氧
　　生粪中有机质在分解过程中易消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
　　肥效缓慢
　　未发酵腐熟的家畜粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用，会使肥效减慢。
　　重金属超标
　　随着集约化、规模化养殖业的快速发展，一些重金属元素等被广泛应用于饲料添加剂，加之微量元素在动物体内生物效价很低，大部分都随畜禽粪便排放到环境中，给生态环境造成巨大的压力。
　　当这种含有大量重金属的畜禽粪便长期施用于农田时，可造成土壤的重金属污染，其中的重金属元素在土壤-水-植物系统中积累转化，并最终通过食物链对人体健康造成威胁。还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给食品安全、农业产业的可持续发展埋下隐患。
　　利用不便
　　生粪未经处理，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
　　氯化钠（食盐）超标
　　据统计每立方米的家畜粪就含有５公斤的氯化钠（食盐），如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，
　　作物将极难生长。 

（据农业技术网）